Sejak tgl. 1 Juli 1989 secara resmi SMA Keluarga dikelola oleh Yayasan Kanisius namun milik Keuskupan Agung Semarang. Beberapa tahun kemudian berdasarkan Surat Keterangan Nomor: 422/3152/03.03/2012 SMA Keluarga resmi berganti nama menjadi SMA Kanisius Kudus. Karena SMA Kanisius Kudus milik Keuskupan Agung Semarang, sesungguhnya SMA Kanisius Kudus adalah milik umat paroki Kudus yang dikelola oleh Yayasan Kanisius